在2003年9月10日正式接管後，青山寺慈善信託理事會隨即進行緊急維修工程及歷史考察，並著手進行大型的復修工程，以回復青山寺昔日的光輝面貌。

2004年委任KCL Fi-Sec, Limited 進行「青山寺古物古蹟研究報告」，按不同建築物的歷史價值、破損程度等，確定寺內各建築及物品的歷史價值。理事會根據這份古物古蹟研究報告，進行第二階段的工程工作。

2005年委任ECA建築師事務所有限公司為工程顧問。工程顧問將因應理事會的目標方向，運用其專業知識提供青山寺未來發展的構思與發展藍圖，以本著保留歷史為大前題，盡量保留青山寺的原貌。另一方面繼續發展青山寺，以照顧現代市民、佛教信眾的需求。

2006年著手為青山寺復修工程準備招標工作。預計最快可於07年動工，進行維修工程。整項工程約需一年多完成。有關工作安排及工程期間之開放，將稍後公佈。